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          單核細(xì)胞增生李斯特菌質(zhì)粒DNA參考物質(zhì)的研制(二)

          發(fā)布時間:2021-07-30 20:26 編輯者:特邀作者夏德婷

          1.2.5 pDNA的定值與不確定度分析

          pDNA Listeria的特性值由8個不同的實驗室用UV方法協(xié)同測定,檢測結(jié)果通過統(tǒng)計檢查以確認(rèn)每組數(shù)據(jù)沒有異常值和顯著差異后,將8個實驗室的結(jié)果平均值作為該pDNA標(biāo)準(zhǔn)品的特性值。進(jìn)而參考ISO指南35,根據(jù)公式(3)計算質(zhì)粒DNA在定值過程引入的不確定度(uq):

          (3)

          其中:s為總平均值的標(biāo)準(zhǔn)偏差,p為實驗室數(shù)目。

          pDNA的不確定度由三部分組成,分別是:由于分裝過程中不均勻性引入的不確定度(uh)、長期保存引入的不確定度(us)、定值過程引入的不確定度(uq)。按照公式(4)計算參考物質(zhì)的標(biāo)準(zhǔn)不確定度:

          (4)

          計算擴(kuò)展不確定度時,應(yīng)將標(biāo)準(zhǔn)不確定度乘以包含因子(k,k=2)。所以,擴(kuò)展相對不確定度計按公式(5)計算:

          (5)

          1.2.6 qPCR試驗

          分別對pDNA和從Listeria:H7標(biāo)準(zhǔn)菌株中提取的gDNA通過A260進(jìn)行定量。根據(jù)單增李斯特菌基因組大小2.90 Mbp估算gDNA的拷貝數(shù),并基于4 271 bp估算pDNA Listeria的拷貝數(shù)。公式(6)用于計算每微升質(zhì)粒DNA和基因組DNA(gDNA)的拷貝數(shù)。

          (6)

          定量完成后,分別使用2×106~2×101拷貝/L的pDNA Listeria和gDNA制備10倍稀釋系列濃度樣品用于進(jìn)行qPCR檢測。qPCR分析使用ABI SYBR FAST qPCR Master Mix(2×),在八聯(lián)管中以25μL體積進(jìn)行PCR反應(yīng)(引物序列和擴(kuò)增子大小見表1),每個反應(yīng)均含10 pmol/L引物。PCR程序:95℃預(yù)變性10 min,95℃變性30 s,55℃退火45 s進(jìn)行40個循環(huán)。根據(jù)qPCR結(jié)果生成pDNA和gDNA的五點(diǎn)標(biāo)準(zhǔn)曲線。

          表1

          1.3統(tǒng)計學(xué)分析

          使用SPSS 16.0和Graphpad 5.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計分析。均勻性測試使用單向方差分析。穩(wěn)定性分析使用單向線性回歸分析來計算斜率β1,當(dāng)|β1|

          2結(jié)果

          2.1質(zhì)粒構(gòu)建和pDNA Listeria純度鑒定

          合成了含有hlyA、plcB、inlA基因的DNA片段,并將該片段插入克隆載體pUC57中,制備了重組質(zhì)粒pDNA Listeria(見圖1)。pDNA經(jīng)提取純化后,經(jīng)測序證實,重組質(zhì)粒中插入片段的序列準(zhǔn)確度為100%,符合預(yù)期(見圖2)。同時pDNA的A260/A280比值為1.863±0.234,介于1.8~2.0之間,A260/A230的比值超過2.0,表明該pDNA溶液中無乙醇、蛋白質(zhì)或RNA污染。

          圖1圖2

          聲明:本文所用圖片、文字來源《中國食品衛(wèi)生雜志》,版權(quán)歸原作者所有。如涉及作品內(nèi)容、版權(quán)等問題,請與本網(wǎng)聯(lián)系刪除。

          相關(guān)鏈接:李斯特菌,重組質(zhì)粒,乙醇

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